蛋白功能注释：亚细胞结构定位、GO分类、KEGG通路途径、蛋白结构域、蛋白复合物、KOG/COG分类、FunCate2分类。

功能富集分析：使用费歇尔确切检验方法，描述特定属性蛋白群体（差异表达的蛋白、发生修饰的蛋白等）潜在调控的生理过程。分析包含：GO分类富集、KEGG通路富集、蛋白结构域富集、蛋白复合物富集。

功能富集聚类分析：使用分层聚类的方法，研究不同实验处理条件下对特定属性全蛋白群体调控生理过程的影响。

表达模式聚类分析：使用Mfuzz聚类方法对蛋白在不同处理条件（不同处理时间或药物浓度）下表达谱的聚类分析。直观的反应出处理时间或药物浓度与蛋白表 达水平的关系。对得到的不同表达模式分类可以做进一步的功能富集聚类分析，揭示药物潜在作用的蛋白与生理功能。

修饰位点motif分析：分析翻译后修饰位点附近氨基酸分布情况，预测潜在与该种修饰类型相关的保守序列区间。通过与蛋白结构域的联系，为研究该种修饰类型作用和调控机制研究提供参考依据。