荧光染料标记的多肽用于生物体内生物医学成像、蛋白结合和定位等的研究。荧光素可以直接和多肽的N端直接相连（异硫氰酸荧光素的连接， 通常在多肽的N端和异硫氰酸荧光素直接插一个氨基乙酸或者β-丙氨酸。），或者在C端和赖氨酸（或半胱氨酸）的侧链连接、或者在其它可以连接的位子连接。

鸿拓生物能提供很多常用的荧光染料，比如：异硫氰酸荧光素、羧基荧光素 、羧基四甲基罗丹明 、NBD (7-nitrobenz-2-oxa-1, 3-diazole), Amc, Atto, Alexa Fluor, Bodipy, Cy3, Cy5......。

每条荧光染料连接的多肽都是冻干粉，通过锡纸包裹的管子邮寄。

Fluorescein isothiocyanate (FITC) 是一种胺活性的荧光染料，被广泛的用于标记多肽和蛋白质。

Cy3 and Cy5 是高消光系数的染料。因此，它们特别适用于细胞内敏感的多肽定位实验。它们的缺点是在多肽合成的环境中非常的不稳定，因此合成的量相对低。