通过液质联用技术（LC-MS/MS）对IP、Co-IP、Pull-down等纯化样本中的蛋白混合物进行鉴定，可同时鉴定目的蛋白及其相互作用蛋白，从而构建与目的蛋白的蛋白质相互作用谱。该技术既适用于蛋白混合物的SDS-PAGE分离后经胶内酶解（in-gel digestion）的质谱分析，也适用蛋白混合物溶液内直接酶解（in-solution digestion）的质谱分析。